Для открытия обработки массового подписания медицинских документов МД необходимо перейти через раздел «Контроль исполнения» в «Отложенное подписание».
Настроить список мед. документов для подписания, установив необходимые фильтры, например показывать «Только неподписанные», через зажатую кнопку клавиатуры Shift или Ctrl выбрать необходимые документы и нажать на кнопку «Подписать».
Откроется окно подписания документа.
Система выдаст сообщение о подписанных документах.
в подсистему «Медицинская организация» - Сервис -Дополнительные обработки – «Массовое подписание МД».
Открылась форма обработки «Массовое подписание МД».
Отборы обработки:
Для отбора МД необходимо указать период отбора «С» и «по». Период обязателен для заполнения. Максимальный разрыв между датами 14 дней. В случае если период будет превышать заданное ограничение, то на форме отобразиться соответствующее сообщение «Ограничение на отбор по периоду 14 дней». 
Отбор по дате накладывается на реквизит «Дата создания» из справочника «Федеральные веб сервисы ЭМД» ( расположен в разделен "Электронные медицинские карты")
- Отбор по подразделению исполнителя в МД (необязательно для заполнения). Указывается то подразделение, которое прописано в справочнике «Сотрудники».
- ШМД – выбирается ШМД, наименование прописано в поле «Заголовок» МД (необязательно для заполнения)
Для отбора МД нажать «Отобрать МД». Отбираются все МД, которые есть в справочнике «Федеральные веб сервисы ЭМД», стоящие в очереди на отправку в РЭМД, и которым нужна подпись организации.
Автоматически галочкой отмечаются все документы. По необходимости выделить только те, которые будут подписаны.
Нажать кнопку «Подписать». Откроется форма выбора подписи.
Необходимо обратить внимание!!! Подписываются все МД, напротив которых стоит галочка.
Если сертификат не является подписью организации (нет в субъекте тега ОГРН, или выбранный сертификат не указан как сертификат в справочнике «Организации»), тогда подпись документа для РЭМД не будет осуществлена, но сам МД будет подписан выбранной подписью. В таком случае выведется соответствующее сообщение «Сертификат не является подписью организации. Подписание документов для отправки в РЭМД невозможно.»
Для проверки подписания документа подписью организации перейти «Администрирование» – «Федеральные веб-сервисы: Формы настройки» – РЭМД - «Федеральные веб сервисы ЭМД». Двойной клик по строке с документом. В открывшейся форме на вкладке «Подписи» добавилась строка с отметкой «Это подпись мед.организации».
Для отображения дополнительных полей в табличной части обработки необходимо перейти в подменю «Еще» - «Изменить форму...».
Галочкой отметить нужные поля и нажать «ОК».
После закрытия формы «Настройка формы» в табличной части отобразятся настроенные поля. 
...